Proteine, la mappa creata dagli scienziati Johns Hopkins University è online
Una catalogazione, di cui parla anche un articolo su Nature e consultabile liberamente online, che secondo alcuni studiosi potrebbe essere più importante di quella del genoma umano: se è vero che il Dna determina molte delle caratteristiche di un organismo, infatti, spesso lo fa semplicemente dando la “ricetta” per la produzione di proteine, elementi costituenti delle cellule e dunque di tessuti e organi
Sono oltre 18mila e sono la maggior parte delle proteine che l’organismo crea a partire dalle istruzioni contenute nel genoma umano. Sono quelle della mappa pubblicata online sul sito di ProteomicsDB (www.proteomicsdb.org): il più grande “inventario” proteico mai creato, frutto del lavoro di un team internazionale guidato dagli scienziati della Johns Hopkins University, consultabile liberamente da chiunque.
Una catalogazione, di cui parla anche un articolo su Nature, che secondo alcuni studiosi potrebbe essere più importante di quella del genoma umano: se è vero che il Dna determina molte delle caratteristiche di un organismo, infatti, spesso lo fa semplicemente dando la “ricetta” per la produzione di proteine, elementi costituenti delle cellule e dunque di tessuti e organi. “Se immaginiamo il corpo umano come un’enorme libreria, i volumi in essa contenuti sono proprio le proteine”, ha spiegato Akhilesh Pandey, docente alla Johns Hopkins. “Questo database ci permette di dire quali libri sono disponibili e dove trovarli”.
Per arrivare a questo risultato il team ha analizzato trenta diversi tessuti umani, sfruttando in particolare due tecnologie. Una, la spettrometria di massa, deriva dalla fisica e permette di identificare l’esatta composizione dei tessuti analizzati; l’altra, l’in-memory computing, è una tecnica informatica per l’analisi di grandi volumi di dati. Tuttavia, “solo un mero elenco delle proteine esistenti – ha aggiunto il ricercatore – non sarebbe stato molto utile”, ed è per questo che gli scienziati ne hanno catalogato anche tipologia, distribuzione, nonché abbondanza nelle cellule, negli organi e nei fluidi corporei. Le oltre 18mila proteine mappate sono codificate da 17294 geni, che però sono solo una parte (l’84%) di tutti quelli che nel corpo umano dovrebbero produrre questi mattoncini costituenti.
Non è neanche certo che sia possibile trovare le mancanti: “Alcune potrebbero esistere solo durante lo sviluppo embrionale o essere state disattivate durante l’evoluzione”, ha spiegato Pandey. Inoltre, tra le molecole elencate in questo enorme database ce ne sono anche 193 mai viste prima e provenienti da regioni del Dna che non si sapeva producessero proteine. Ecco perché “potrebbe rivelarsi impossibile determinare con esattezza quante proteine ci siano nel corpo umano”, ha concluso il ricercatore. Il che non vuol dire che non ci si proverà comunque.
di Laura Berardi
Dal Fatto Quotidiano del 2 giugno 2014