Coronavirus, il centro BioExcel mette a disposizione i suoi supercomputer per la ricerca: esaminati 2mila farmaci in tre giorni
Due sono soprattutto le risorse offerte: Gromacs, un'applicazione per simulazioni estremamente veloci di sistemi biologici, e Haddock, che serve a studiare le complesse interazioni tra il virus e le proteine umane
BioExcel, uno dei principali centri europei di ricerca biomolecolare computazionale, ha deciso di concedere l’accesso ai propri supercomputer e ai propri software all’avanguardia ai ricercatori di tutta Europa, per aiutarli nel percorso di studio del Covid-19. Anche se adesso le cose sembrano andare meglio in Italia, in molte altre parti del mondo la pandemia non accenna a rallentare e nessuno può sapere quali saranno gli scenari possibili per il prossimo autunno. Per questo, sin da quando l’Organizzazione Mondiale della Sanità ha dichiarato la pandemia, è stato chiaro a tutti i ricercatori che sarebbe stato necessario uno sforzo congiunto per combatterla, basato sulla condivisione dei dati e delle tecnologie e il coordinamento delle azioni.
Per questo BioExcel ha deciso di condividere con i ricercatori europei le proprie applicazioni software all’avanguardia e di fornire supporto in aree critiche per la comprensione dei meccanismi di attacco del virus e delle possibili strategie per neutralizzarlo, come la modellizzazione integrativa biomolecolare o le simulazioni di dinamica molecolare. “Sia il settore pubblico che quello privato stanno compiendo enormi sforzi concertati per affrontare questa crisi”, ha dichiarato Rossen Apostolov, direttore esecutivo di BioExcel. “Non vi è dubbio che la scoperta di un vaccino e di una cura sarà di fondamentale importanza per controllare a lungo termine la diffusione del Sars-Cov2, nonché i patogeni correlati”.
Due sono soprattutto le risorse che BioExcel ha messo a disposizione dei ricercatori: Gromacs, un’applicazione che consente di utilizzare contemporaneamente centinaia di migliaia di processori informatici per simulazioni estremamente veloci di sistemi biologici, e Haddock, uno strumento sviluppato dall’Università di Utrecht e utilizzato da oltre 17mila ricercatori in tutto il mondo, che serve a studiare le complesse interazioni tra il virus e le proteine umane e prevedere come le piccole molecole dei farmaci possano attaccare e inibire il virus. Per dare un’idea dei vantaggi, basta dire che il team di Haddock, sfruttando la capacità di calcolo messa a disposizione dalla piattaforma European Open Science Cloud, ha potuto esaminare oltre 2mila farmaci in appena tre giorni.
“Solo attraverso sforzi coordinati e strette collaborazioni tra università e industria saremo in grado di superare le pandemie come quella da Covid-19”, ha commentato il direttore scientifico di BioExcel Erik Lindahl. “Centri come BioExcel svolgono un ruolo vitale nel facilitare questa collaborazione e sviluppare le competenze di cui abbiamo bisogno per avere successo”.