Varianti, l’Italia ancora a rilento sul sequenziamento: la “rete integrata” dei laboratori è partita a luglio, negli ultimi 3 mesi analizzato solo il 2,9% dei tamponi. E ora è allarme Omicron

L'obiettivo fissato dall'Ecdc resta un miraggio, nonostante sia partita rete "integrata" per cercare i ceppi virali. Non che il resto dei "big" d'Europa faccia meglio - salvo rare eccezioni - ma i dati italiani disponibili sul portale Gisaid sono desolanti: 76.029 sequenze da gennaio 2020, l'1,53% dei tamponi positivi. Eppure la struttura commissariale e l'Iss confermano che da luglio i fondi non mancano. E nelle ultime settimane nuovo rallentamento: "Mantenere adeguati livelli per una loro pronta identificazione di mutazioni". Ecco Regioni virtuose e chi analizza meno

L’Italia continua a sequenziare molto poco, rischiando di dover nuovamente rincorrere la caccia alle varianti. Il target minimo del 5% dei tamponi positivi fissato dal Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie – e raccomandato anche dall’Oms – per ora resta un miraggio, nonostante a giugno fosse stata annunciata la nascita della rete “integrata” per la sorveglianza epidemiologica e il sequenziamento dei ceppi virali circolanti. Non che il resto dei “big” d’Europa faccia molto meglio – salvo rare eccezioni come Regno Unito, Germania e Danimarca – ma i dati italiani disponibili sulla banca dati internazionale Gisaid, dove vengono caricati i risultati delle analisi dei test, sono desolanti: appena 76.029 sequenze di Sars-Cov-2 depositate dal 10 gennaio 2020, l’1,53% dei totale dei tamponi positivi.

La recente diminuzione delle sequenze – E nelle ultime settimane la macchina sembra essersi inceppata, tanto da spingere l’Istituto Superiore di Sanità, capofila del progetto finanziato con i fondi del commissario straordinario Francesco Figliuolo, a mettere nero su bianco nel bollettino del 13 novembre: “Si è osservata una diminuzione significativa delle sequenze depositate sulla piattaforma I-Co-Gen”, lanciata a fine aprile. Il problema, prosegue l’Istituto guidato da Silvio Brusaferro, “potrebbe essere legato ad una riduzione del numero dei casi” genotipizzati e sequenziati: “È importante sottolineare, tuttavia, che il mantenimento di un adeguato livello di sequenziamento è indispensabile al fine di seguire le dinamiche di sviluppo delle diverse varianti, per una loro pronta identificazione e per il successivo monitoraggio di mutazioni che potrebbero avere un impatto significativo sulla trasmissibilità dell’infezione e sull’efficacia delle vaccinazioni”. Un problema che torna di strettissima attualità con la scoperta della variante “sudafricana”, ribattezzata Omicron dall’Oms. Venerdì sera il ministro della Salute Roberto Speranza ha sostenuta: “Abbiamo un programma di sequenziamento e delle ricerche su queste varianti, che vengono fatte costantemente. La stessa cosa avviene nella maggior parte dei Paesi europei. La cercheremo con ancora più insistenza, proveremo a intensificare ancora il sequenziamento nel nostro come negli altri Paesi”.

Il Consorzio sfumato e la “rete integrata” – In realtà finora il percorso finora è stato tortuoso. A fine gennaio la crisi di governo ha portato all’accantonamento del Consorzio italiano per la genotipizzazione e fenotipizzazione di Sars-Cov-2, nato nell’ambito del Tavolo tecnico per la sorveglianza viro-immunologica di infezioni emergenti, istituito al ministero della Salute il 19 gennaio su input dell’allora viceministro della Salute Pierpaolo Sileri e con il coordinamento e la supervisione dell’Istituto superiore di sanità. Così a giugno proprio l’Iss ha annunciato la rete di laboratori che avrebbe dovuto “assicurare in modo integrato, in un’unica piattaforma pubblica, la sorveglianza epidemiologica”. Da quel momento, almeno per un periodo, si è iniziato a sequenziare un po’ di più, ma restando comunque lontani dalle soglie minime, anche con differenze marcate su base regionale.

I soldi? “Ci sono”. E l’Iss: “Laboratori operativi” – Su richiesta del ministero della Salute datata 26 maggio, “strumenti e fondi” per il progetto delle varianti genetiche sono arrivati dalla struttura commissariale di Figliuolo. Con un’ordinanza del 10 luglio il generale ha nominato l’Iss “soggetto attuatore” e stanziato 4,3 milioni di euro. Poco meno di un milione è andato direttamente all’Istituto per “per materiale di consumo, per la manutenzione della piattaforma I-Co-Gen e per altri costi diretti”, mentre 3.310.000 euro sono materialmente stati destinati ai laboratori scelti nelle regioni per effettuare i sequenziamenti fino al 30 settembre. Uno stanziamento sufficiente, sulla base dei prezzi riportati nella stessa ordinanza, per effettuare tra 30 e 50mila analisi. La struttura commissariale fa sapere a Ilfattoquotidiano.it che l’Iss “ha fornito la rendicontazione che è all’esame” e “non appena completato il processo, si procederà al finanziamento secondo le modalità stabilite”. E in ogni caso è proprio l’Istituto a fare presente che la rete di laboratori “potrà essere ulteriormente sostenuta in modo stabile” grazie ai 10 milioni di euro per l’anno 2021 nel decreto legge n.73 dello scorso 25 maggio, “nonché grazie al finanziamento proposto dal ministero della Salute tra le misure da finanziare a regime con la legge di Bilancio attualmente all’esame del Parlamento”. La partenza è stata lenta, ma i soldi ci sono, insomma.

Ma il target del 5% resta lontano – Cosa è accaduto in questi mesi? “La rete è pienamente operativa su tutto il territorio nazionale”, dice l’Istituto a Ilfattoquotidiano.it. Negli ultimi 90 giorni, l’Italia ha caricato sulla piattaforma Gisaid – dove da gennaio 2020 sono oltre 5,4 milioni le sequenze inviate da tutto il mondo – il 2,87% delle sequenze genetiche dei tamponi risultati positivi. Tradotto: i laboratori italiani hanno genotipizzato 12.746 casi di infezione. E appena il contagio è ripartito, il sistema sembra essersi inceppato nuovamente. I dati dell’ultimo mese – con ogni probabilità parziali, visto che l’Italia ha impiegato una media di 12 giorni tra il prelievo e il deposito – parlano chiaro: 2.739 sequenze, pari all’1,3% dei tamponi risultati positivi. Può aver giocato un ruolo la ripartenza del contagio, che evidentemente impegna maggiormente i laboratori. Anche la Germania, tra le nazioni europee più attente con 260.258 sequenze depositate pari al 4,67% dei casi, il triplo dell’Italia, dal 26 ottobre ha ridotto a poco più dell’1 per cento i test sequenziati. Tengono invece il Regno Unito (10,4), la Svizzera (5,39), la Danimarca (26,4) e la Svezia (16,5%).

I Paesi virtuosi, dal Regno Unito alla Danimarca – Sono gli stessi Paesi virtuosi fin da inizio pandemia. Il Regno Unito ha sequenziato da solo quasi 1,3 milioni di test, pari al 12,9% dei casi registrati sul proprio territorio. Tra i “big” è il migliore in termini assoluti e in percentuali è secondo solo alla Danimarca, un caso a sé avendo depositato su Gisaid 212.216 sequenziamenti su 462.427 casi di Sars-Cov-2 registrati sul proprio suolo: ogni cento tamponi positivi, Copenaghen ne analizza 46,1. Bene anche Svezia (10,6) e Svizzera con l’8,85% di sequenziamenti su 966.321 contagi. Oltre il 5% anche Austria, Finlandia, Irlanda, Lituania, Norvegia e Slovenia, oltre ai piccoli Lussemburgo e Islanda. Tra i principali Paesi europei che finora hanno sequenziato molto poco, al pari dell’Italia, ci sono la Francia (116.242 tamponi, l’1,96%) e la Spagna (78.543, l’1,54%).

Da fine settembre 6 Regioni sotto l’1% – E da Nord a Sud della penisola i dati non sono omogenei. L’Iss segnala nell’ultimo bollettino sulle varianti che dal 25 settembre alla prima settimana di novembre c’è stato un aumento totale della percentuale di campioni analizzati in tutte le Regioni rispetto alla media degli ultimi undici mesi, ma comunque la progressione resta comunque lontana dal target del 5% indicato dall’Ecdc a febbraio come standard minimo per identificare tempestivamente i nuovi ceppi virali. Tra il 25 settembre e l’8 novembre la Sardegna ha sequenziato il 15,1% dei tamponi, il Trentino-Alto Adige il 10,5, l’Abruzzo il 7,5, l’Umbria poco più del 7, la Lombardia il 6,8 e l’Emilia Romagna il 4,9. Tutte le altre aree? Distanti dall’obiettivo, con Veneto, Puglia, Campania, Toscana, Marche e Valle d’Aosta abbondantemente sotto l’1 per cento. Il “livello adeguato” di sequenziamento ritenuto “indispensabile” dallo stesso Iss per intercettare e seguire l’evoluzione delle varianti, al momento, resta un miraggio.

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