Omicron “arrivata” dai topi? Nelle banche dati sono depositate solo 1750 sequenze animali da inizio pandemia. Senza monitoraggio “difficile prepararsi alla gestione di varianti pericolose per l’uomo”

• di Giovanna Trinchella
• 15 Gennaio 2022

L’ipotesi che la variante Omicron di Sars Cov 2 sia il risultato di un “doppio salto di specie” e che sia arrivata a diventare il virus più contagioso conosciuto da anni dopo un passaggio nei topi riapre ancora una volta il tema dell’importanza del sequenziamento. Uno strumento di monitoraggio e un’arma contro il coronavirus, che scatena Covid 19, che già per quanto riguarda i genomi umani – tranne che per alcuni paesi virtuosi tra cui il Regno Unito – risulta poco utilizzato, ma che è addirittura quasi inesistente negli animali. Un aspetto poco conosciuto di cui parla Paolo Bonilauri, biologo dirigente dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell’Emilia-Romagna in un post pubblicato sulla pagina Facebook di Pillole di Ottimismo. Per il ricercatore “lo sforzo di monitoraggio e sequenziamento negli animali comparato all’uomo è stato enormemente inferiore. Questo aspetto dovrà migliorare nella gestione futura della pandemia, soprattutto quando si passerà alla fase endemica e quindi ad una gestione della malattia più simile a quella messa in atto per l’influenza con l’utilizzo di sentinelle”.

I pochi dati quindi non possono confortare l’ipotesi “topi”, né permettere di respingerla. Ma certamente solo il sequenziamento intenso anche negli animali potrà consentire di capire se una specie può diventare il serbatoio della potenziale prossima variante pericolosa per l’uomo. Al momento sono solo 1750 le sequenze negli animali depositate nelle banche dati. “Data questa scarsità di sequenze, soprattutto da animali selvatici, la possibilità che Omicron sia emerso da un ospite animale non può essere respinta come alternativa ad altre ipotesi, compresa l’evoluzione del virus durante l’infezione persistente in un soggetto immunocompromesso” scrive lo scienziato. “L’indagine epidemiologica dei ceppi di SARS-CoV-2 isolati negli animali attraverso una sorveglianza mirata ai potenziali ospiti non umani del virus, che permetta di aumentare la nostra comprensione di come i virus si stanno evolvendo negli animali diventerà di fondamentale importanza di qui in avanti ed è fondamentale che siano condivisi i dati di sequenza anche dagli animali, in tempo reale. Tanto più, quando si passerà da una gestione della pandemia che prevede un monitoraggio continuo su tutti i soggetti positivi con largo uso di sequenziamento ad un monitoraggio tramite sentinelle, sul modello dell’influenza, il monitoraggio negli animali della circolazione del virus si renderà necessario a prevedere – ragiona il biologo – la possibile emersione di varianti potenzialmente pericolose per l’uomo e per prepararsi alla loro gestione“. Se fosse confermata l’ipotesi che Omicron sia mutata così drammaticamente dopo un passaggio nei topi, questo appello diventerebbe ancora più importante.

Per comprendere la scarsità di dati Bonilauri cita un aggiornamento rilasciato dell’Organizzazione mondiale per la sanità mondiale (Oie). In passato come è noto gli animali allevati, furetti e visoni “sono risultati altamente sensibili al virus e sviluppano malattia sintomatica sia in condizioni naturali che in infezioni sperimentali”. Poco più di un anno fa la diffusione del coronavirus nei visoni aveva portato alcuni paesi e in particolare la Danimarca all’abbattimento di milioni di esemplari proprio perché era stata certificata la trasmissione del virus all’uomo. Discorso a parte per i furetti per cui era stata “dimostrata la trasmissione solo tra gli animali”. Il biologo spiega come il coniglio selvatico europeo e della razza bianca neozelandese “sono indicate come altamente suscettibili al virus in condizioni sperimentali, ma non mostrano sintomi della malattia e non trasmettono il virus tra conspecifici a differenza dei procioni che invece sono in grado di farlo, oltre ad essere altamente suscettibili al virus in condizioni sperimentali. Maiali e bovini di allevamento sono risultati estremamente poco sensibili al virus in condizioni sperimentali e le specie avicole (polli, tacchini e anatre) si confermano per nulla suscettibili al virus”.

Nell’elenco dei suscettibili ci sono naturalmente gli animali da compagnia: “I gatti sono altamente suscettibili al virus, sia in condizioni naturali sia sperimentali: possono sviluppare segni della malattia e la trasmissione del virus tra gatti è confermata. I cani possono infettarsi col virus, sia in condizioni naturali sia sperimentali, ma con minore suscettibilità dei gatti e possono mostrare i sintomi della malattia. Non è stata tuttavia dimostrata la trasmissione del virus da cane a cane. I criceti dorati sono risultati altamente suscettibili al virus in condizioni sperimentali, mostrano i sintomi della malattia da lievi a molto gravi in ragione dell’età dell’animale ed è dimostrata la trasmissione del virus tra i criceti. Ci sono poi gli animali selvatici, i grandi felini, gorilla e macachi, pipistrelli e anche le marmotte. Proprio questa capacità così efficiente del coronavirus di contagiare gli animali che è stato possibile ipotizzare che Omicron con le sue numerose mutazioni “si sia avvantaggiato da un periodo più o meno lungo di circolazione in animali suscettibili, per poi ritornare all’uomo“. E vale la pena ricordare che resta ancora ignoto l’animale ospite intermedio a lungo cercato: c’è ancora una X nella casella tra il pipistrello e l’uomo. Gli sforzi per identificarlo al momento non hanno dato risultati se non scagionare un piccolo mammifero: il pangolino.

Spiega Bonilauri nel suo post che l’Oie “dopo aver riconosciuto la presenza di numerosi animali suscettibili all’infezione e di almeno due specie che presentano le caratteristiche per essere definite potenziali reservoir (visoni e cervi della Virginia), passa all’analisi delle mutazioni presenti in Omicron, incluse quelle che determinano una maggiore capacità di sfuggire all’immunità naturale o vaccinale e ricorda come tutte queste mutazioni sono state, in realtà, osservate nell’uomo in precedenza, anche se alcune con frequenze molto basse. Secondo Oie, inoltre, da una valutazione preliminare delle sequenze disponibili nell’uomo e negli animali, non emerge una relazione diretta tra virus sequenziati negli animali e Omicron, ad oggi. Tuttavia, le numerose mutazioni osservate sulla Spike suggeriscono che il virus abbia subito una pressione selettiva e questo potrebbe essere avvenuto in un ospite differente dall’uomo. Analizzando le sequenze depositate al momento, il documento Oie evidenzia però come questo risultato sia inevitabilmente influenzato dalla scarsità di sequenze del virus, rilevato negli animali, depositate nelle banche dati. Infatti, a fronte di 6 milioni di sequenze di SARS-CoV-2 da esseri umani presenti sul database GISAID EpiCoV, soltanto circa 1500 derivano da virus isolato o rilevato negli animali. Analogamente in GeneBank database dell’NCBI, sono depositate al momento più 2,5 milioni di sequenze del virus da esseri umani e meno di 250 sequenze da animali. Inoltre la maggioranza di sequenze animali deriva esclusivamente da visoni, gatti e cervi della Virginia”. Ma non negli ultimi indiziati come ospiti del virus che poi è mutato: i topi.